β-warstwa to jedna z najczęściej spotykanych struktur drugorzędowych w białkach. Jak dotąd mechanizmy rządzące ustrukturyzowaniem wody w warstwie solwatacyjnej wokół tej struktury są słabo poznane [1]. W celu lepszego zrozumienia zjawiska hydratacji wokół struktur o konformacji β-warstwy przeprowadzono analizę wyników pochodzących z symulacji metodą dynamiki molekularnej β-warstw składających się z 8 równoległych nici o różnym składzie aminokwasowym (Ala, Ser, Thr). Do opisu lokalnego uporządkowania wody wokół warstw wykorzystano dwucząstkowe funkcje korelacji jako podstawę racjonalnej miary uporządkowania cząsteczek wody. Miarę tę wykorzystano dla opisu dwóch rodzajów oddziaływań: woda-woda oraz peptyd-woda. Wkład biorący pod uwagę oddziaływania woda-woda po przyjęciu pewnych przybliżeń posłużył nam jako miara zmian strukturalnych w wodzie solwatującej peptyd, zaś podział tego wkładu na trzy człony: translacyjny, orientacyjny i konfiguracyjny, umożliwił wykreślenie diagramów uporządkowania. Właściwości strukturalne rozpuszczalnika wpływają na jego właściwości dynamiczne takie jak współczynniki autodyfuzji (translacyjnej i rotacyjnej). Oprócz funkcji rozkładu radialnego cząsteczek wody wokół płaszczyzny β-warstwy, określono również funkcje rozkładu radialnego atomów wodoru i tlenu wokół wybranych atomów peptydu oraz obliczono stałe czasowe "rezydencji" atomów rozpuszczalnika wokół tych atomów.
Authors
- Dariusz Czapiewski,
- prof. dr hab. inż. Jan Zielkiewicz link open in new tab
Additional information
- Category
- Publikacja w czasopiśmie
- Type
- artykuły w czasopismach recenzowanych i innych wydawnictwach ciągłych
- Language
- polski
- Publication year
- 2010
