W ostatnich latach zaproponowano szereg modeli typu implicit solvent, ktore bazują na bezpośrednim rozwiązaniu niejednorodnego równania Poissona w przestrzeni rzeczywistej. Modele te charakteryzują się elegancją, ponieważ wnęka, w której umieszczona jest molekuła substancji rozpuszczanej zdefiniowana jest bezpośrednio w funkcji gęstości elektronowej, a rozkład ładunku jest w sposób samouzgodniony polaryzowany dzięki reakcji dielektryka, który ją otacza.Mimo to, implementacja tego rodzaju modeli jest skomplikowana technicznie i wymaga ostrożności. Również użytkownicy modeli muszą wykazać ostrożność, a to z uwagi na szereg parametrów numerycznych, które muszą zostać odpowiednio dobrane, aby osiągnąć dokładne i fizycznie sensowne wyniki.W niniejszej pracy opisano w których częściach modelu biorą udział odpowiednie parametry oraz w szczegółach zbadano ich wpływ na przebieg obliczeń. Wykorzystano model zaimplementowany w programie ONETEP, realizującym liniowo-skalujące się obliczenia metodą funkcjonału gęstości (DFT). Dzięki temu, że program ONETEP umożliwia prowadzenie obliczeń dla tysięcy atomów, za badany układ przyjęto kompleks 2602-atomowego lizozymu T4 L99/M1012Q. Zbadano wpływ parametrów na energie solwatacji i wiązania, które są istotnymi wielkościami w obliczeniowej optymalizacji potencjalnych leków. Zaproponowano optymalne wartości wspomnianych parametrów, których należałoby użyć w rutynowych obliczeniach.
Autorzy
- dr hab. inż. Jacek Dziedzic link otwiera się w nowej karcie ,
- Stephen Fox,
- Thomas Fox,
- Christofer Tautermann,
- Chris-Kriton Skylaris
Informacje dodatkowe
- DOI
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego link otwiera się w nowej karcie 10.1002/qua.24075
- Kategoria
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ
- artykuł w czasopiśmie wyróżnionym w JCR
- Język
- angielski
- Rok wydania
- 2013
