Publications Repository - Gdańsk University of Technology

Page settings

polski
Publications Repository
Gdańsk University of Technology

Show publications from the year

Publications from the year 2014

Show all
  • Modyfikacja właściwości trybologicznych poliuretanów
    • Helena Janik
    • Kaja Borzędowska-Labuda
    • Maciej Sienkiewicz
    2014 Elastomery

    Przedstawiono metody modyfikacji właściwości trybologicznych poliuretanów i kompozytów poliuretanowych oraz metody badań tych właściwości. Porównano materiały pod względem odporności na zużycie i ścieranie.

  • Molecular docking studies towards development of novel Gly-Phe analogs for potential inhibition of Cathepsin C (dipeptidyl peptidase I).
    • Umesh Kalathiya
    • Monikaben Padariya
    • M. Jegwiński
    • Maciej Bagiński
    2014 Full text International Journal for Computational Biology

    Cathepsin C is a cysteine protease required for activation of various pro-inflammatory serine proteases and, essentially, is of interest as a therapeutic target. Cathepsin C coordinate system was employed as a model to study the interaction of some already available inhibitors of Cathepsin C. Compounds containing Gly-Phe fragment with functional groups at its ends were designed by knowledge based approach. Using AutoDock and Discovery Studio Client 3.1 software packages, binding energy of different conformations and ten scoring functions (LigScore1, LigScore2, PLP1, PLP2, JAIN, PMF, PMF04, LUDI_1, LUDI_2 and LUDI_3) were calculated for newly designed compounds. These docking studies revealed favorable energy scores which also helps to understand interaction of ligands with enzyme.

  • Molecular modeling and evaluation of novel dibenzopyrrole derivatives as telomerase inhibitors and potential drug for cancer therapy
    • Umesh Kalathiya
    • Monikaben Padariya
    • Maciej Bagiński
    2014 IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

    During previous years, many studies on synthesis, as well as on anti-tumor, anti-inflammatory and anti-bacterial activities of the pyrazole derivatives have been described. Certain pyrazole derivatives exhibit important pharmacological activities and have proved to be useful template in drug research. Considering importance of pyrazole template, in current work the series of novel inhibitors were designed by replacing central ring of acridine with pyrazole ring. These heterocyclic compounds were proposed as a new potential base for telomerase inhibitors. Obtained dibenzopyrrole structure was used as a novel scaffold structure and extension of inhibitors was done by different functional groups. Docking of newly designed compounds in the telomerase active site (telomerase catalytic subunit TERT) was carried out. All dibenzopyrrole derivatives were evaluated by three docking programs: CDOCKER, Ligandfit docking (Scoring Functions) and AutoDock. Compound C_9g, C_9k and C_9l performed best in comparison to all designed inhibitors during the docking in all methods and in interaction analysis. Introduction of pyrazole and extension of dibenzopyrrole in compounds confirm that such compound may act as potential telomerase inhibitors.

  • Molecular Recognition in Complexes of TRF Proteins with Telomeric DNA
    • Miłosz Wieczór
    • Adrian Tobiszewski
    • Paweł Wityk
    • Bartłomiej Tomiczek
    • Jacek Czub
    2014 Full text PLOS ONE

    Telomeres are specialized nucleoprotein assemblies that protect the ends of linear chromosomes. In humans and many other species, telomeres consist of tandem TTAGGG repeats bound by a protein complex known as shelterin that remodels telomeric DNA into a protective loop structure and regulates telomere homeostasis. Shelterin recognizes telomeric repeats through its two major components known as Telomere Repeat-Binding Factors, TRF1 and TRF2. These two homologous proteins are therefore essential for the formation and normal function of telomeres. Indeed, TRF1 and TRF2 are implicated in a plethora of different cellular functions and their depletion leads to telomere dysfunction with chromosomal fusions, followed by apoptotic cell death. More specifically, it was found that TRF1 acts as a negative regulator of telomere length, and TRF2 is involved in stabilizing the loop structure. Consequently, these proteins are of great interest, not only because of their key role in telomere maintenance and stability, but also as potential drug targets. In the current study, we investigated the molecular basis of telomeric sequence recognition by TRF1 and TRF2 and their DNA binding mechanism. We used molecular dynamics (MD) to calculate the free energy profiles for binding of TRFs to telomeric DNA. We found that the predicted binding free energies were in good agreement with experimental data. Further, different molecular determinants of binding, such as binding enthalpies and entropies, the hydrogen bonding pattern and changes in surface area, were analyzed to decompose and examine the overall binding free energies at the structural level. With this approach, we were able to draw conclusions regarding the consecutive stages of sequence-specific association, and propose a novel aspartate-dependent mechanism of sequence recognition. Finally, our work demonstrates the applicability of computational MD-based methods to studying protein-DNA interactions.

  • Momenty transgresyjne w biografii a kształtowanie się tożsamości zawodowej na przykładzie współczesnych nauczycieli.
    • Michał Tomasz Tomczak
    2014 Full text

    W artykule prezentowane są wyniki badań empirycznych przeprowadzonych przy wykorzystaniu techniki narracyjnego wywiadu biograficznego, odnoszących się do kwestii kształtowania się tożsamości zawodowej nauczycieli przez pryzmat ich biografii, w relacji do momentów transgresyjnych, wydarzeń przełomowych, szczególnie istotnych i znaczących w ich życiu.

  • Monitoring of Odour Nuisance from Landfill Using Electronic Nose
    • Jacek Gębicki
    • Tomasz Dymerski
    • Jacek Namieśnik
    2014 CHEMICAL ENGINEERING TRANSACTIONS

    The paper presents the results of investigation on classification of atmospheric air samples collected in a vicinity of municipal landfill with respect to their odour nuisance. The research was conducted using a prototype of electronic nose instrument and a commercial electronic nose of Fast/Flash GC type –HERACLES II. The prototype was equipped with a set of six semiconductor sensors by FIGARO Co.. Classification of the air samples with respect to the place of collection relative to the landfill was performed using linear discriminant function supported with cross-validation method. More than 70 % of the samples were correctly classified employing the analysis with HERACLES II. The prototype of electronic nose provided correct classification of 40 % of the samples.

  • Monitoring of underdeck corrosion by using acoustic emission method
    • Krzysztof Emilianowicz
    2014 Full text Polish Maritime Research

    This paper presents first short characteristics of underdeck corrosion process as well as a problem of its monitoring. Next is described an acoustic emission (AE) method elaborated by Department of Ship Technology , Quality Systems and Material Engineering, Gdańsk University of Technology in cooperation with partners of CORFAT project realized within 7th EU Frame Program . Further are presented short characteristics of the emission process, used measuring instrumentation of Vallen Systeme GmbH , as well as TESTER, corrosion testing device, and a corrosion solution used in the tests. Finally, results of the tests performed on selected marine units, are presented.

  • Monitoring stanu powietrza atmosferycznego oraz wód powierzchniowych i podziemnych
    • Bogdan Zygmunt
    2014

    Opisano cele i zadania i definicje Państwowego Monitoringu środowiska. Monitoring powietrza atmosferycznego obejmuje substancje gazowe oraz pyły a także wybrane substancje wchodzące w skład pyłów. Monitoring przeprowadza się z wykorzystaniem metod manualnych i analizatorów automatycznych a także za pomocą metod zdalnych. Stan powietrza atmosferycznego można oceniać na podstawie zmian wywołanych w środowisku. Nowoczesnym rozwiązaniem jest monitorowanie atmosfery poprzez badanie składu opadów atmosferycznych. Omówiono wyjątkowe właściwości wody jako związku chemicznego i opisano monitoring jakości wód powierzchniowych i podziemnych z wyszczególnieniem rodzajów monitoringu. Przedyskutowano programy, miejsca i sposoby pobierania próbek wody z różnych akwenów.. Podkreślono rolę bio-monitoringu w ocenie jakości wody i powietrza. Praca zawiera krótką charakterystykę sieci pomiarowych pomiarowe, wykorzystanie systemu informacji geograficznej oraz zapewnienie i kontrolę jakości w badaniach monitoringowych.

  • Monitoring wizyjny w systemach zabezpieczenia transportu wodnego. Koncepcja implementacyjna
    • Jakub Szulwic
    • Artur Janowski
    2014 Full text Logistyka

    W artykule autorzy przedstawiają koncepcję zastosowania własnych badań nad pomiarem prędkości przepływu cieczy do zastosowań praktycznych w pomiarach przepływu wody w kanałach otwartych i rzekach. Jako narzędzie pomiarowe wykorzystują zestaw aparatów synchronicznych, które rejestrują indykatory przepływu znajdujące się na powierzchni analizowanej cieczy. Aparat matematyczny przedstawiony w rozwiązaniu sprowadza się do stosowania metod stereowizji i rozwiązań fotogrametrii cyfrowej lub – w zależności od wymaganej szybkości i dokładności co do uzyskanych wyników – rozwiązań computer vision. Skuteczna i szybka metoda pomiaru przepływu w kanale otwartym to narzędzie umożliwiające teledetekcyjne (bezkontaktowe) i fotogrametryczne (zgeometryzowane) uzyskanie wyników o wielkości przepływu powierzchniowego na otwartych akwenach. Implementacja tej metody może być wykorzystana w systemie bezpieczeństwa transportu wodnego oraz do monitorowania przepływu w pobliżu budowli hydrotechnicznych. Ze względu na niskie kosza i łatwość montażu systemu można go wykorzystać także w okolicy wałów przeciwpowodziowych zagrożonych uszkodzeniem (zerwanie wału lub przelanie wody). Atutem rozwiązania jest podawanie współrzędnych przestrzennych, przez co monitorowany może być poziom wody i zmiana objętości przepływu.

  • Monitoring zwierciadła wód podziemnych i ich jakości na obszarze budowy tunelu drogowego pod Martwą Wisłą.
    • Beata Jaworska-Szulc
    2014 Full text Inżynieria i Budownictwo

    Omówiono wyniki pomiarów zwierciadła wód podziemnych oraz badań jakości wód podziemnych, wykonywanych podczas budowy pierwszej rury tunelu. Podkreślono, że podczas realizacji drugiej rury tunelu, a zwłaszcza przejść poprzecznych, istnieje potrzeba prowadzenia stałego monitoringu jakości wód, ze szczególnym wskazaniem na badania chlorków w piezometrach i Martwej Wiśle.

  • Monitorowanie temperatury elementów wykonawczych docierarki jednotarczowej
    • Adam Barylski
    2014

    W rozdziale przedstawiono badania monitorowania temperatury elementów układu kinematycznego docierarki jednotarczowej przy użyciu metody termowizyjnej. Badano temperaturę tarczy docierającej podczas jej wyrównywania, temperaturę pierścieni i rolek prowadzących, separatorów oraz przedmiotów obrabianych z miedzi i żeliwa. W badaniach stosowano różne wartości prędkości obrotowych tarcz docierających oraz ziarnistości ścierniw.

  • Monitorowanie temperatury podczas gładzenia długich otworów
    • Adam Barylski
    2014

    W rozdziale przedstawiono wyniki badań temperatury podczas gładzenia otworów w elementach stalowych. Badano otwory o średnicach 75H7, 75H10 i 150H7 mm. Do analiz zastosowano metodę termowizyjną. Otrzymane wyniki badań pozwolą uzyskać wysoką dokładność wymiarową otworów w częściach metalowych, a także właściwie zaplanować miejsce i czas kontroli końcowej.

  • Monitorowanie zabiegów kardiochirurgicznych
    • Mariusz Kaczmarek
    • Antoni Zbigniew Nowakowski
    2014

    Niniejszy rozdział jest poświęcony analizie możliwości wykorzystania obiektywnych ilościowych metod pomiarowych w podczerwieni do oceny procedur interwencji kardiochirurgicznych, głównie procedur standardowych, powszechnie stosowanych w praktyce medycznej. Prezentowane wyniki uzyskano, realizując projekty badawcze, w szczególności grant KBN 3T11E 010 27 „Analiza technik diagnostycznych i terapeutycznych w celu minimalizacji ryzyka interwencji kardiochirurgicznych”. Osoby zainteresowane szczegółami anatomicznymi i problemami interwencji kardiochirurgicznych odsyłamy do obu wymienionych pozycji literatury oraz do literatury przedmiotu.

  • Mono- and bi-metallic plasmonic photocatalysts for degradation of organic compounds under UV and visible light irradiation
    • Ewa Kowalska
    • Marcin Janczarek
    • L. Rosa
    • S. Juodkazis
    • Bunsho Ohtani
    2014 Full text CATALYSIS TODAY

    Titania powders were surface modified with gold and/or silver nanoparticles (NPs) by photodeposition method. Gold modified titania exhibited much higher photocatalytic activity during methanol dehydrogenation under UV irradiation than titania modified with monometallic silver and bimetallic Au–Ag NPs. Bimetallic photocatalysts exhibited either enhanced or reduced visible light activity, depending on properties of noble metal NPs, sequence of their deposition on titania, and properties of host titania. Though numerical simulation (3D-FDTD) showed strong plasmonic field enhancement at the interface between titania and bimetallic core(Au)–shell(Ag) NP, it is thought that co-deposition caused an enhancement of charge carriers recombination (by electron sinking in nearby second metal) inhibiting photoactivity under visible light irradiation. The highest level of photoactivity showed large rutile NPs with successively deposited metals, mainly in the form of individual monometallic NPs, due to size/shape polydispersity of deposited NPs, and thus with ability of light absorption in a broad wavelength range.

  • Mono- and polynuclear Co(II) silanethiolates with aliphatic diamines
    • Agnieszka Pladzyk
    • Katarzyna Kazimierczuk
    2014 JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE

    Four Co(II) complexes, [Co{SSi(OtBu)3}2(dmpda)] 1, [Co{SSi(OtBu)3}2(bda)2]n2 [Co{SSi(OtBu)3}2(pda)2]n3 and [Co{SSi(OtBu)3}2(hda)2]n4 [dmpda = 3-(dimethylamino)-1-propylamine; bda = 1.4-butanediamine; pda = 1.5-pentanediamine; had = 1.6-hexanediamine] have been synthesized and characterized using X-ray diffraction. Complex 1 is mononuclear and contains Co(II) coordinated by dmpda molecule in chelating mode, whereas compounds 3 and 4 are one-dimensional polymers with pda and hda diamines as bridges between the metallic centers respectively. In all complexes tri-tert-butoxysilanethiolate residue acts as terminal S-donor ligand. Full characterization of obtained compounds 1–4 was additionally carried out with the use of IR and UV–vis spectroscopy, elemental and thermal analysis.

  • Mononuclear sodium(I) and copper(I) silanethiolates
    • Sylwia Godlewska
    • Katarzyna Kazimierczuk
    • Anna Dołęga
    2014 INORGANIC CHEMISTRY COMMUNICATIONS

    Stericallyencumberedligand(ArO) 3 SiS − , where Ar = 2,6-diisopropylphenyl, was employed for the synthesisof a dicoordinate copper(I) complex. The ligand creates a very hydrophobic environment around the metal center as indicated by the crystal structures and FT-IR spectroscopy.

  • Monoterpenes emissions from different samples of wood-based materials – laminated chipboards and medium-density fiberboards (MDF)
    • Mariusz Marć
    • Bożena Zabiegała
    2014

    The paper presents the results of studies on emission rates of monoterpenes, carried out with the use of a new type of device - Markes’ Micro-Chamber/Thermal Extractor™ (μ-CTE250). Subject of studies were different types of wood-based materials such as: laminated chipboards and medium-density fiberboards (MDF). Based on the results obtained one can conclude that the laminated chipboards may affect the indoor air quality in much higher degree than the medium-density fiberboards (MDF) in the term of monoterpenes content.

  • Monotone iterative method for first-order differential equations at resonance
    • Tadeusz Jankowski
    2014 APPLIED MATHEMATICS AND COMPUTATION

    This paper concerns the application of the monotone iterative technique for first-order differential equations involving Stieltjes integrals conditions. We discuss such problems at resonance when the measure in the Stieltjes integral is positive and also when this measure changes the sign. Sufficient conditions which guarantee the existence of extremal, unique and quasi-solutions are given. Three examples illustrate the results.

  • Morfologia, w³aoeciwooeci mechaniczne i termiczne elastycznych pianek poliuretanowych modyfikowanych glinokrzemianami warstwowymi
    • Łukasz Piszczyk
    • Aleksander Hejna
    • Krzysztof Formela
    • Magdalena Danowska
    • Michał Strankowski
    2014 Full text Polimery

    Wytwarzane z udzia³em poligliceryny elastyczne pianki poliuretanowe modyfikowano za pomoc¹ montmorylonitu sodowego (bentonitu, MMT), mieszaniny bentonitu i bezhalogenowego fosforoorganicznego zwi¹zku zmniejszaj¹cego palnooeæ (Fyrol PNX) oraz, stanowi¹cego nape³niacz hybrydowy, bentonitu modyfikowanego wykorzystywanym uniepalniaczem. Badano mikrostrukturê, w³aoeciwooeci mechaniczne i termiczne modyfikowanych pianek poliuretanowych. Stwierdzono, ¿e dodatek nape³niaczy powoduje zwiêkszenie gêstooeci pozornej pianek oraz jej wytrzyma³ooeci na oeciskanie. Modyfikacja elastycznych pianek mieszanin¹ montmorylonitu z fosforoorganicznym zwi¹zkiem zmniejszaj ¹cym palnooeæ a tak¿e modyfikacja nape³niaczem hybrydowym wp³ynê³a na podwy¿szenie temperatury zeszklenia otrzymanych pianek. Stabilnooeæ termiczna materia³ów poliuretanowych modyfikowanych montmorylonitem lub nape³niaczem hybrydowym by³a wiêksza ni¿ stabilnooeæ niemodyfikowanej pianki referencyjnej.

  • Morphology and properties of nanotubular oxide layer on the Ti13Zr13Nb alloy
    • Agnieszka Ossowska
    • Sylwia Sobieszczyk
    • Milena Supernak-Marczewska
    • Andrzej Zieliński
    2014 SURFACE & COATINGS TECHNOLOGY

    The Ti13Zr13Nb alloy in solid and porous form was oxidised. The constant voltage 20 V, oxidation time 0.5 and 1 h, and 1 M H3PO4 (orthophosphoric acid) with addition of HF (hydrofluoric acid) as a test solution were applied. SEM (Scanning Electron Microscope) examinations of surface, EDS (Energy Dispersive X-ray Spectroscopy) chemical analysis, nanohardness and nano-scratch tests, and corrosion potentiokinetic tests at various pH were performed. The results show that oxidation of this ternary alloy in acidic solution in presence of fluoride ions results in an appearance of nanotubular oxide layer of high nanohardness, well adjacent to the base but relatively easily damaged in scratch test. Different colonies of nanotubes are observed, related to different phases of the alloy.