2015 - Publications Repository - Gdańsk University of Technology

Show publications from the year

Publications from the year 2015

Show all

Characterisation of Escherichia coli isolates from the blood of haematological adult patients with bacteraemia: translocation from gut to blood requires the cooperation of multiple virulence factors
- Beata Krawczyk
- Anna Śledzińska
- Kasjan Szemiako
- Alfred Samet
- Bogdan Nowicki
- Józef Kur
2015 Full text EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY & INFECTIOUS DISEASES
The aim of the study was to investigate whether there are unique pathotypes of Escherichia coli capable of transmission from the gastrointestinal tract to the vascular bed. The study included E. coli strains isolated from clinical materials collected from 115 patients suffering from haematologic malignancies diagnosed with bacteraemia. The genotyping techniques established that 89 E. coli isolates from the blood had the same genotype as the E. coli from the patient's bowel. The presence of 21 genes encoding virulence factors typical of various E. coli pathotypes and their relationship with the phylogenetic group was established. One-dimensional analysis showed that the focG gene occurred more frequently in the control bowel group, while the ampicillin-resistant afa/dr E. coli were associated with bacteraemia. Blood isolates with the highest occurrence of virulence factors belonged to pathogenic group B2 and non-pathogenic group A. The co-occurrence of multiple genes encoding papC, sfa, usp and cnf1 virulence factors probably predisposes E. coli to translocation from the gastrointestinal tract to the vascular bed in the group of patients with haematologic malignancies. Based on clustering analysis, dominance of the most virulent strains assigned to the cluster with seven virulence factors encoded by the following genes, papC, sfaD/E, cnf1, usp, agn43, hlyA and iutA, was found. The obtained results enforce the previously proposed concept of bowel-blood translocation and further expand our hypothesis by defining the unique virulence characteristics of E. coli isolates, which predispose them to bowel colonisation or translocation and bacteraemia in this group of patients.
Characteristics of the Hydrophytes Method
- Hanna Obarska-Pempkowiak
- Magdalena Gajewska
- Ewa Wojciechowska
- Janusz Pempkowiak
2015 GeoPlanet: Earth and Planetary Sciences
.
Characterization of a single-stranded DNA-binding-like Protein from Nanoarchaeum equitans - a nucleic acid binding protein with broad substrate specificity
- Marcin Olszewski
- Jan Balsewicz
- Marta Nowak
- Natalia Maciejewska
- Anna Cyranka-Czaja
- Beata Zalewska-Piątek
- Rafał Piątek
- Józef Kur
2015 Full text PLOS ONE
Background SSB (single-stranded DNA-binding) proteins play an essential role in all living cells and viruses, as they are involved in processes connected with ssDNA metabolism. There has recently been an increasing interest in SSBs, since they can be applied in molecular biology techniques and analytical methods. Nanoarchaeum equitans, the only known representative of Archaea phylum Nanoarchaeota, is a hyperthermophilic, nanosized, obligatory parasite/symbiont of Ignicoccus hospitalis. Results This paper reports on the ssb-like gene cloning, gene expression and characterization of a novel nucleic acid binding protein from Nanoarchaeum equitans archaeon (NeqSSB-like protein). This protein consists of 243 amino acid residues and one OB fold per monomer. It is biologically active as a monomer like as SSBs from some viruses. The NeqSSB-like protein displays a low sequence similarity to the Escherichia coli SSB, namely 10% identity and 29% similarity, and is the most similar to the Sulfolobus solfataricus SSB (14% identity and 32% similarity). The NeqSSB-like protein binds to ssDNA, although it can also bind mRNA and, surprisingly, various dsDNA forms, with no structure-dependent preferences as evidenced by gel mobility shift assays. The size of the ssDNA binding site, which was estimated using fluorescence spectroscopy, is 7±1 nt. No salt-dependent binding mode transition was observed. NeqSSB-like protein probably utilizes a different model for ssDNA binding than the SSB proteins studied so far. This protein is highly thermostable; the half-life of the ssDNA binding activity is 5 min at 100°C and melting temperature (Tm) is 100.2°C as shown by differential scanning calorimetry (DSC) analysis. Conclusion NeqSSB-like protein is a novel highly thermostable protein which possesses a unique broad substrate specificity and is able to bind all types of nucleic acids.
Characterization of magnesium doped lanthanum orthoniobate synthesized by molten salt route
- Aleksandra Dorota Mielewczyk-Gryń
- Sebastian Lech Wachowski
- Krzysztof Zagórski
- Piotr Jasiński
- Maria Gazda
2015 CERAMICS INTERNATIONAL
Molten salt synthesis method has been used to prepare the single phase magnesium doped lanthanum orthoniobate. The phase composition has been checked by X-ray diffraction method and the microstructure studies have been performed by scanning electron microscopy. The high temperature properties of the material have been investigated by thermogravimetry and electrochemical impedance spectroscopy. A dependence between sample total conductivity and temperature has been found supporting the thesis that there is strong correlation between apparent activation energy of conductivity and structural phase transition at ~500 °C. It has been also shown that the conductivity of magnesium doped lanthanum orthoniobate synthesized by the molten salt route reaches values of ~1 mS/cm at 720°C in wet hydrogen.
Characterization of two aminotransferases from Candida albicans
- Kamila Rząd
- Iwona Gabriel
2015 Full text Acta Biochimica Polonica
Aminoadipate aminotransferase (AmAA) is an enzyme of α-aminoadipate pathway (AAP) for l-lysine biosynthesis. AmAA may also participated in biosynthesis or degradation of aromatic amino acids and in d-tryptophan based pigment production. The AAP is unique for fungal microorganisms. Enzymes involved in this pathway have specific structures and properties. These features can be used as potential molecular markers. Enzymes catalyzing reactions of l-lysine biosynthesis in Candida albicans may also become new targets for antifungal chemotherapy. Search of the NCBI database resulted in identification of two putative aminoadipate aminotransferase genes from Candida albicans: ARO8 (ORFs 19.2098 and 19.9645) and YER152C (ORFs 19.1180 and 19.8771). ARO8 from C. albicans exhibits 53% identity to ARO8 from S. cerevisiae, while YER152C exhibits 30% identity to ARO8 and 45% to YER152C from S. cerevisiae. We amplified two genes from the C. albicans genome: ARO8 and YER152C. Both were cloned and expressed as His-tagged fusion proteins in E. coli. The purified Aro8CHp gene product revealed aromatic and α-aminoadipate aminotransferase activity. Basic molecular properties of the purified protein were determined. We obtained catalytic parameters of Aro8CHp with aromatic amino acids and aminoadipate (AA) (Km(L-Phe) 0.05±0.003 mM, Km(L-Tyr) 0.1±0.008 mM, Km(L-AA) 0.02±0.006 mM) and confirmed the enzyme broad substrate spectrum. The assays also demonstrated that this enzyme may use 2-oxoadipate and 2-oxoglutarate (2-OG) as amino acceptors. Aro8CHp exhibited pH optima range of 8, which is similar to AmAA from S. cerevisiae. Our results also indicate that CaYer152Cp has a possible role only in aromatic amino acids degradation, in contrast to CaAro8CHp.
Charakterystyka autonomiczności trolejbusów – nowe doświadczenia w elektromobilności miejskiej
- Marcin Połom
- Adam Piasecki
- Mikołaj Bartłomiejczyk
2015 Logistyka
Ewolucja komunikacji trolejbusowej zachodzi w wielu europejskich miastach. Wraz z rozwojem alternatywnych źródeł zasilania (baterie trakcyjne, supekondensatory, spalinowe agregaty prądotwórcze) trolejbusy stają się mniej uzależnione od sieci trakcyjnej, a przy tym bardziej efektywne ekonomicznie. Jednoczesny rozwój autobusów elektrycznych i wiążące się z nimi problemy eksploatacyjne skłaniają do refleksji nad wykorzystaniem zalet trolejbusów i elektrobusów czyniąc rozwiązanie doskonalszym. W artykule przedstawiono doświadczenia we wprowadzaniu nowoczesnych rozwiązań w zakresie alternatywnych źródeł zasilania w Europie czyniących komunikację trolejbusową bardziej elastyczną. Omówione zagadnienia nakreślają przyszłość komunikacji trolejbusowej i możliwą ich ewolucję.
Charakterystyka eksploatacyjna pomp ciepła zainstalowanych w oczyszczalni ścieków
- Ewa Zaborowska
2015 Instal
W artykule przedstawiono charakterystykę eksploatacyjną sprężarkowych pomp ciepła zainstalowanych w oczyszczalni komunalnej i wykorzystujących ścieki oczyszczone jako dolne źródło ciepła. Zastosowanie ścieków oczyszczonych jest uzasadnione ich dostępnością oraz stosunkowo wysoką temperaturą (10-25°C). Prawidłowa eksploatacja układu wymaga zastosowania pośredniego obiegu parowacza oraz regularnych zabiegów czyszczenia wymiennika odzysku ciepła. W ciągu sześciu lat obserwacji prowadzonych w oczyszczalni ścieków w Grudziądzu sezonowy współczynnik efektywności grzejnej zespołu pomp ciepła zmieniał się w przedziale 3,44-3,59 i wynosił średnio 3,48. W poszczególnych miesiącach sezonu grzewczego wartości te wahały się od 3,32 do 3,87. Na osiągane wyniki miało wpływ wiele czynników związanych ze zmianami warunków cieplno-hydraulicznych zarówno w dolnym, jak i górnym źródle ciepła. Temperatura wody grzejnej na zasilaniu wynosiła 45-55°C, zależnie od temperatury na powrocie z instalacji odbiorczej oraz zmian obciążenia cieplnego układu. W ustabilizowanych warunkach pracy przyrost temperatury czynnika grzejnego w skraplaczu wykazywał niewielkie wahania. Uzyskane wyniki przemawiają za szerszym stosowaniem podobnych rozwiązań, szczególnie przy możliwości zasilania energią elektryczną z kogeneracji biogazowej.
Charakterystyka faz rozdmuchu preform z poli(tereftalanu etylenu) w procesie rozdmuchiwania z jednoczesnym ich rozciąganiem
- Paweł Wawrzyniak
- Janusz Datta
2015 Przemysł Chemiczny
Scharakteryzowano proces wytwarzania pojemników PET w procesie rozdmuchiwania z jednoczesnym rozciąganiem półfabrykatów w postaci preform. Największy nacisk położono na szczegółowe omówienie poszczególnych etapów procesu rozdmuchiwania oraz etapów pracy maszyny rozdmuchowej. Omówiono też wybrane zagadnienia przepływu powietrza podczas procesu rozdmuchiwania butelek. Poruszono również problem przemian fazowych tworzywa PET występujących w procesie.
Charakterystyka hydrogeochemiczna wód podziemnych rejonu Przylądka Rozewie na podstawie badań ich naturalnych wypływów
- Dawid Potrykus
2015 Przegląd Geologiczny
W niniejszym artykule zostały przedstawione wyniki badań, które były prowadzone w strefie brzegowej rejonu Przylądka Rozewie. Prowadzone w latach 2013-2014 badania miały charakter monitoringu podstawowych właściwości fizykochemicznych oraz oznaczenia składu jonowego wód wypływających ze zbocza w obrębie badanego terenu. Warunki hydrogeochemiczne rejonu Przylądka Rozewie są kształtowane pod wpływem specyficznego nadmorskiego klimatu, składu mineralnego warstwy wodonośnej, a także głębokości krążenia wód podziemnych oraz czasu ich kontaktu z ośrodkiem skalnym.
Charakterystyka właściwości kompozytów termoplastycznych napełnianych miałem gumowym
- Krzysztof Formela
2015 Materiały Kompozytowe
Kompozyty termoplastyczne napełniane miałem gumowym otrzymano przy użyciu współbieżnej wytłaczarki dwuślimakowej. Scharakteryzowano właściwości mechaniczne oraz morfologię badanych kompozytów. Uzyskane wyniki wskazują że kompozyty typu termoplast/miał gumowy stanowią proekologiczną formę recyklingu zużytych opon samochodowych stanowiąc tym samym ciekawą alternatywę dla powszechnie stosowanego odzysku energetycznego.
Charakterystyka zjawiska przedsiębiorczości
- Ewa Grzegorzewska-Mischka
2015
W opracowaniu wyjaśniono w pierwszej kolejności kwestie definicyjne związane z pojęciem przedsiębiorczości. Przedstawiono w nim także ogólne zagadnienia związane ze zjawiskiem przedsiębiorczości, takie jak istota przedsiębiorczości, jej wyróżniki, uwarunkowania rozwoju.
CHARAKTERYSTYKA ZUŻYĆ, WAD I USZKODZEŃ SZYN W TORACH TRAMWAJOWYCH
- Sławomir Grulkowski
- Jerzy Zariczny
2015 Zeszyty Naukowo-Techniczne Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Komunikacji w Krakowie. Seria: Materiały Konferencyjne
Eksploatacja i utrzymanie nawierzchni tramwajowych napotyka liczne problemy. Podstawowym zagadnieniem jest intensywne zużywanie się i degradacja elementów stalowych. W artykule poświęcono uwagę wadom powierzchniowym oraz zużyciom szyn w torach tramwajowych, przybierających inny charakter niż w torach kolejowych.
Charge transfer and formation of complexes in the He+ collisions with the furan molecules
- Tomasz Wąsowicz
- Boguslaw Pranszke
2015 Full text Journal of Physics : Conference Series
Charge transfer and formation of the collision complexes have been studied experimentally in fragmentation of the furan molecules in collisions with He+ cations. The excited atomic and diatomic fragments of furan have been identified using collision-induced luminescence spectroscopy. Charge transfer ionization of the furan molecules has been observed in production of helium atoms in the excited 1s4d 1D2, 3D1,2,3 states. The fragmentation yields of the excited fragments have been measured as a function of the projectile energies (velocities) in the range 5-1000 eV. Enhancement of the fragmentation yields occurring at lower velocities may indicate formation of the [He-C4H4O]+ collision complexes prior to dissociation.
Chemical composition analysis and authentication of whisky
- Paulina Wiśniewska
- Tomasz Dymerski
- Waldemar Wardencki
- Jacek Namieśnik
2015 JOURNAL OF THE SCIENCE OF FOOD AND AGRICULTURE
W pracy przedstawiono informacje dotyczące porównania różnych rodzajów whisky i innych napojów alkoholowych, identyfikacji różnych rodzajów whisky, oceny jakości i potwierdzania autentyczności whisky. Ponadto w pracy omówiono różne techniki stosowane w analizie whisky, takie jak gazową i cieczową chromatografię z różnymi detektorami (FID, AED, UV-vis), nos elektroniczny, spektrometrię absorpcji atomowej i spektrometrię mas. Ponadto opisano stosowane w tych badaniach techniki chemometryczne , jak również wybrane techniki przygotowania próbek
Chemical Derivatization Processes Applied to Amine Determination in Samples of Different Matrix Composition
- Justyna Płotka-Wasylka
- Calum Morrison
- Marek Biziuk
- Jacek Namieśnik
2015 CHEMICAL REVIEWS
Amines are important biological compounds, and so their analysis and monitoring in various matrices is worthy of investigation and development.Due to the polar nature of amines, chromatographic analysis of free amines is generally unsatisfactory owing to adsorption and decomposition of the solute on the column, resulting in peak tailing and losses. Therefore, many derivatization reactions are employed to reduce the polarity, improve chromatographic separation of analytes, and increase selectivity and sensitivity of detection. In addition, the sample matrix contains other compounds at the same or higher concentration levels, making determination difficult and sometimes impossible. An important solution to this problem is derivatization of analytes, causing changes in their structures and properties, thus allowing differentiation of the analyte from other compounds present in the sample.A number of derivatization reactions including acylation, silylation or carbamate formation can be applied to amine compounds. In a chromatographic system, these reactions can be performed as pre-column, on-column, or post-column. Attempts have been made in both off-line and online approaches. Off-line derivatization is simple but time-consuming and labor intensive, particularly when large numbers of samples are involved and may increase the risk of loss or contamination. An alternative approach is to convert analytes by online derivatization using flow methods, so avoiding the drawbacks of off-line procedures. Online derivatization can be performed prior to chromatographic separation. This offers advantages for analytes with poor separation due to strong adsorption on the stationary phase, or labile compounds, which may easily decompose or react with other components during chromatographic separation.Solventless sample preparation techniques based on the extraction of analytes in sorption processes are effective and an environmentally friendly alternative to solvent extraction procedures. This type of extraction includes solid phase microextraction (SPME) and stir bar sorptive extraction (SBSE), with both techniques having been successfully applied to in situ derivatization of amine compounds. SPME and SBSE in combination with chromatographic techniques enable selective and sensitive analysis of amine derivatives in various matrices.Both techniques are simple and economical, do not require preliminary sample preparation steps, and reduce the volume of solvents used.
Chemical identification of rubber fender sample and hardness and density measurements
- Janusz Datta
- Marcin Włoch
2015
Scope of testing: Chemical identification of rubber fender sample and hardness and density measurements. - Raport z badań zleconych - Numer umowy: 031178
Chemical structure, thermal and mechanical characterization of bio-based polyurethane composites filled with microcrystalline cellulose
- Ewa Głowińska
- Janusz Datta
- Marcin Włoch
- Patrycja Jutrzenka Trzebiatowska
2015
Over the past several decades, the interest in replacing the synthetic components used in the production of polymers and composites with their natural counteparts has been growing. Biocomposites belong to the group of materials produced with the use of renewable raw materials. There has been a recent surge of interest in the industrial applications of composites containing natural fibres reinforced with biopolymers. Biopolymers are hugely useful as a matrix for bio-fibre reinforced composites. Bio-based materials became increasingly adequate as has been demonstrated by many practical applications of intensively researched novel compositions and processes. The aim of this work was investigated the influence of different amounts of MCC powder dispersed in bio polyurethane matrix synthesized with using bio-based ingredients such modified soybean oil (25 or 50% wt.) and bio-glycol on structure, thermal and mechanical behavior of obtained materials.
Chemosensitization of multidrug resistant Candida albicans by the oxathiolone fused chalcone derivatives
- Izabela Ła̧cka
- Marek T. Konieczny
- Anita Bułakowska
- Marie Kodedová
- Dana Gašková
- Indresh Maurya
- Rajendra Prasad
- Sławomir Milewski
2015 Full text Frontiers in Microbiology
Three structurally related oxathiolone fused chalcone derivatives appeared effective chemosensitizers, able to restore in part sensitivity to fluconazole of multidrug-resistant C.albicans strains. Compound 21 effectively chemosensitized cells resistant due to the overexpression of the MDR1 gene, compound 6 reduced resistance of cells overexpressing the ABC-type drug transporters CDR1/CDR2 and derivative 18 partially reversed fluconazole resistance mediated by both types of yeast drug efflux pumps. The observed effect of sensitization of resistant strains of Candida albicans to fluconazole activity in the presence of active compounds most likely resulted from inhibition of the pump-mediated efflux, as was revealed by the results of studies involving the fluorescent probes, Nile Red, Rhodamine 6G and diS-C3(3).
Chłodzenie zdalaczynne w układach miejskich
- Tomasz Mania
- Rafał Andrzejczyk
- Tomasz Muszyński
- Jakub Doroszkiewicz
2015
W niniejszym artykule zaprezentowano nowoczesne rozwiązania techniczne pozwalajace na zagospodarowanie ciepła średnio i wysokotemperaturowego wytwarzanego w układach zdalaczynnych na potrzeby chłodu. Problematyka efektywnego wykorzystania chłodu w układach zdalaczynnych jest istotnym elementem ciągle rozwijających się miast i aglomeracji miejskich. W warunkach polskich rozwiązania produkcji chłodu zdalaczynnego są na etapie początkowych instalacji pilotażowych, które zostały wymuszone względami ekonomicznymi poszukiwania bardziej efektywnego wykorzystania nadwyżek ciepła sieciowego. Ponadto omówiono technologię wytwarzania chłodu technologią absorpcyjną oraz adsorpcyjną wraz z paramilitaryzacją wartości wytwarzanego chłodu. Artykuł prezentuje również praktyczne instalacje chłodzenia zdalaczynnego pracujace w Europie
Chromatografia cienkowarstwowa i technika TLC-FID w badaniach składu grupowego, szczególnie, tłuszczów i produktów ich konwersji
- Judyta Kosińska
- Grażyna Gałęzowska
- Sebastian Zalewski
- Marian Antoni Kamiński
2015 Camera Separatoria
Praca dotyczy zbadania celowości stosowania oraz określenia korzystnych warunków wykorzystania "klasycznej" chromatografii cienkowarstwowej w normalnych układach faz (NP-TLC) oraz techniki chromatografii cienkowarstwowej z detekcją płomieniowo - jonizacyjną (TLC-FID) na pręcikach kwarcowych, jako technik zapewniających oznaczanie składu grupowego, w badaniach nad: - ustaleniem optymalnych warunków rozdzielania grupowego tłuszczów i produktów ich konwersji z zastosowaniem kolumnowej chromatografii elucyjnej w warunkach normalnych układów faz (NP-HPLC), albo w warunkach kolumnowej chromatografii wykluczania z jednoczesną adsorpcją o charakterze oddziaływań polarnych (GPC/SEC-NP), - oceną składu grupowego, tzn. orientacyjnym oznaczaniem składu grupowego tego rodzaju produktów, - oceną składu frakcji eluatu, tzn. oceny czystości kolekcjonowanych składników rozdzielanych techniką HPLC w skali semi-preparatywnej / preparatywnej. W niniejszej pracy zwrócono też uwagę na możliwość wykorzystania klasycznej techniki NP-TLC do wstępnych badań nad opanowaniem korzystnych warunków wykorzystania wysokosprawnej kolumnowej elucyjnej chromatografii cieczowej wykluczania sterycznego (GPC-SEC) i słabej adsorpcji o charakterze oddziaływań polarnych, w normalnych układach faz (NP), tzn., wykorzystywania w sposób optymalny warunków GPC-SEC-NP do grupowego rozdzielania w/w produktów. Badania dotyczyły również określenia optymalnych warunków stosowania techniki TLC-FID do określania składu grupowego na przykładzie rozdzielania i oznaczania zawartości składników niektórych tłuszczów i produktów ich konwersji, a także, obecności i zawartości grup składników w technicznym FAME, tzn., estrach metylowych kwasów tłuszczowych, jako pochodnym tłuszczów roślinnych – bio-komponencie paliwowym, dodawanym do „naftowego” oleju napędowego do zasilania silników Diesla. Wyniki pokazują istotne korzyści ze stosowania techniki TLC, w "pilotowych" badaniach nad doborem korzystnych warunków wykorzystywania wysokosprawnej chromatografii cieczowej wykluczania z jednoczesną kontrolowaną niskoenergetyczną adsorpcją, zwłaszcza z zastosowaniem normalnych układów faz, tzn. warunków GPC-SEC-NP.