2015 - Repozytorium publikacji - Politechnika Gdańska

Pokaż publikacje z roku

Publikacje z roku 2015

Pokaż wszystkie

Prediction of Overall In Vitro Microsomal Stability of Drug Candidates Based on Molecular Modeling and Support Vector Machines. Case Study of Novel Arylpiperazines Derivatives
- Szymon Ulenberg
- Mariusz Belka
- Marek Król
- Franciszek Herold
- Weronika Hewelt-Belka
- Agata Kot-Wasik
- Tomasz Bączek
2015 Pełny tekst PLOS ONE
Other than efficacy of interaction with the molecular target, metabolic stability is the primary factor responsible for the failure or success of a compound in the drug development pipeline. The ideal drug candidate should be stable enough to reach its therapeutic site of action. Despite many recent excellent achievements in the field of computational methods supporting drug metabolism studies, a well-recognized procedure to model and predict metabolic stability quantitatively is still lacking. This study proposes a workflow for developing quantitative metabolic stability-structure relationships, taking a set of 30 arylpiperazine derivatives as an example. The metabolic stability of the compounds was assessed in in vitro incubations in the presence of human liver microsomes and NADPH and subsequently quantified by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS). Density functional theory (DFT) calculations were used to obtain 30 models of the molecules, and Dragon software served as a source of structure-based molecular descriptors. For modeling structure-metabolic stability relationships, Support Vector Machines (SVM), a non-linear machine learning technique, were found to be more effective than a regression technique, based on the validation parameters obtained. Moreover, for the first time, general sites of metabolism for arylpiperazines bearing the 4-aryl-2H-pyrido[1,2-c]pyrimidine-1,3-dione system were defined by analysis of Q-TOF-MS/MS spectra. The results indicated that the application of one of the most advanced chemometric techniques combined with a simple and quick in vitro procedure and LC-MS analysis provides a novel and valuable tool for predicting metabolic half-life values. Given the reduced time and simplicity of analysis, together with the accuracy of the predictions obtained, this is a valid approach for predicting metabolic stability using structural data. The approach presented provides a novel, comprehensive and reliable tool for investigating metabolic stability, factors that affect it, and the proposed structures of metabolites at the same time. The performance of the DFT-SVM-based approach provides an opportunity to implement it in a standard drug development pipeline.
Preimuszestwa prinjatija sogłaszenija mieżdu Rossijskoj Federaciej i Respublikoj Polsza o porjadke mestnogo prgranicznogo peredwiżenija
- Krystyna Gomółka
2015
.
Preliminary evaluation of selected mineral adsorbents used to remove phosphorus from domestic wastewater = Wstępna ocena przydatności wybranych adsorbentów mineralnych do usuwania fosforu ze ścieków bytowych
- Maria Nastawny
- Andrzej Jucherski
- Andrzej Walczowski
- Krzysztof Jóźwiakowski
- Aneta Pytka
- Magdalena Gizińska-Górna
- Michał Marzek
- Magdalena Gajewska
- Andrzej Marczuk
- Janusz Zarajczyk
2015 Przemysł Chemiczny
Four grinded mineral materials were studied for their ability of P sorption from the aq. phosphate solns. in 24-h tests by using equations of Langmuir and Freundlich isotherms. The particular sorbents contained mainly SiO254,5% Ca) 29.6%, Fe2O3 69,4% and showed the sorption capacities 56, 159, 285 or 2.4 mg/g resp.
Preparation and characterization of Pt–N/TiO2 photocatalysts and their efficiency in degradation of recalcitrant chemicals
- Anna Zielińska-Jurek
- Izabela Wysocka
- Marcin Janczarek
- Waldemar Stampor
- Jan Hupka
2015 SEPARATION AND PURIFICATION TECHNOLOGY
Series of Pt–N/TiO2 photocatalysts were synthesized using the sol–gel method. The photocatalysts’ characteristics by X-ray diffractometry (XRD), scanning transmission electron microscopy (STEM), diffuse reflectance spectroscopy (DRS), X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) showed that sample with the molar ratio Ti:N equal 1:4 and platinum nanoparticles size of about 3 nm had anatase structure, about 94 m2/g specific surface area and nitrogen content about 0.7 at.%. The photocatalytic activity was estimated by measuring the decomposition rate of phenol in 0.2 mM aqueous solution under Vis and UV/Vis light irradiation. Compared to N–TiO2 and Pt–TiO2 samples, the photocatalytic activity was improved markedly for samples Pt–N/TiO2 regarding the observed synergistic effect of nitrogen and platinum. The formation of hydroxyl radicals (OH) on the surface of Pt–N/TiO2 nanocomposites was detected by the luminescence technique using terephthalic acid as probe molecules. Regarding flow back fluid treatment after shale gas exploration, the progress of photocatalytic degradation of organic compounds was measured by the total organic carbon (TOC) concentration.
Preprzedsiębiorczość
- Krzysztof Zięba
2015
Książka składa się z czterech rozdziałów, poprzedzonych wstępem i zwieńczonych częścią podsumowującą całość. Rozdział pierwszy nakreśla tło dla dalszych rozważań. W rozdziale tym wyodrębniono trzy zasadnicze ujęcia: ujęcie ekonomiczne, ujęcie psychologiczne oraz socjologiczno-kulturowe. W dalszej części tego rozdziału przeanalizowano związki między przedsiębiorczością a wzrostem gospodarczym. Wskazano także mniej znane kierunki badań nad przedsiębiorczością, zakorzenione w innych gałęziach nauk, łącznie z genetyką. Rozdział drugi jest zogniskowany wokół zagadnienia preprzedsiębiorczości. Punktem wyjścia do rozważań zaprezentowanych w tym rozdziale jest problematyka okazji przedsiębiorczej. Następnie omówiony został proces tworzenia nowego przedsięwzięcia, co pozwoliło na uwypuklenie roli i znaczenia preprzedsiębiorczości w procesie przedsiębiorczym. Rozdział ten zamyka analiza związków między preprzedsiębiorczością a poziomem rozwoju gospodarczego. W rozdziale trzecim na wstępie przedstawiono wybrane wyniki światowych badań nad preprzedsiębiorczością. W dalszej części rozdziału zaprezentowano stan wiedzy na temat determinant preprzedsiębiorczości oraz omówiono problematykę motywacji założycielskich i aspiracji wzrostowych preprzedsiębiorców. Następnie postawiono hipotezy badawcze, a w części podsumowującej ten rozdział zaproponowano czynnikowo-wynikowy model preprzedsiębiorczości. Ostatni, czwarty rozdział prezentuje wyniki badań empirycznych na dziesięciu różnych próbach badawczych. W badaniach empirycznych prowadzonych w latach 2008-2012, wzięło udział ponad 2300 respondentów. W większości byli to studenci Wydziału Zarządzania i Ekonomii Politechniki Gdańskiej, ale także studenci innych uczelni (Politechniki Poznańskiej oraz University of Glasgow) oraz uczniowie ostatnich klas szkół licealnych. Przebadano również próbę przedsiębiorców o dwuletnim doświadczeniu przedsiębiorczym, a w analizach porównawczych dotyczących przedsiębiorców sięgano również do wyników badań prowadzonych w ramach Pomorskiego Obserwatorium Gospodarczego. Uzyskane wyniki posłużyły do weryfikacji hipotez badawczych i do nakreślenia szerszego tła dla analizy zjawiska preprzedsiębiorczości. Dzięki przyjętemu sposobowi prowadzenia badań możliwa była również ocena wpływu procesu edukacji studentów na wykazywane przez nich postawy przedsiębiorcze i zmian statusu preprzedsiębiorcy wśród badanych studentów na tle deklarowanych przez nich postaw przedsiębiorczych.
Preserving Trees in Automata
- Jan Daciuk
2015
We present a method to store additional information in a minimal automaton so that it is possible to compute a corresponding tree node number for a state. The number can then be used to retrieve additional information. The method works for minimal (and any other) deterministic acyclic finite state automata (DFAs). We also show how to compute the inverse mapping.
Pressure effects on the superconductivity of the HfPd2Al Heusler compound: Experimental and theoretical study
- B. Wiendlocha
- Michał Winiarski
- M. Muras
- C. Zvoriste-Walters
- J. C. Griveau
- S. Heathman
- Maria Gazda
- Tomasz Klimczuk
2015 Pełny tekst PHYSICAL REVIEW B
Polycrystalline HfPd2Al has been synthesized using the arc-melting method and studied under ambient-pressure conditions by x-ray diffraction from room temperature up to 450 °C. High-pressure x-ray diffraction up to 23 GPa was also performed using Diacell-type membrane diamond anvil cells. The estimated linear thermal expansion coefficient was found to be α=1.40(3)×10−5K−1, and the bulk modulus derived from the fit to the third-order Birch-Murnaghan equation of state is B0=97(2) GPa. Resistivity studies under applied pressure (p≤7.49GPa) showed a linear decrease of superconducting critical temperature with increasing pressure and the slope dTc/dp=−0.13(1)KGPa−1. The same behavior is observed for the electron-phonon coupling constant λep(p) that changes from 0.67 to 0.6, estimated for p=0.05 and 7.49 GPa, respectively. First-principles electronic structure and phonon calculation results are presented and used to estimate the magnitude of electron-phonon interaction λep and its evolution with pressure. Theoretical results explain the experimentally observed decrease in Tc due to considerable lattice stiffening.
Prime-Boost Vaccination with Toxoplasma Lysate Antigen, but Not with a Mixture of Recombinant Protein Antigens, Leads to Reduction of Brain Cyst Formation in BALB/c Mice
- Angelika Wagner
- Irma Schabussova
- Bärbel Ruttkowski
- Roman Peschke
- Józef Kur
- Michael Kundi
- Anja Joachim
- Ursula Wiedermann
2015 Pełny tekst PLOS ONE
Introduction Infection with the ubiquitous parasite Toxoplasma gondii is a threat for immunocompro- mised patients and pregnant women and effective immune-prophylaxis is still lacking. Methods Here we tested a mixture of recombinant T . gondii antigens expressed in different develop- mental stages, i.e., SAG1, MAG1 and GRA7 (SMG), and a lysate derived from T . gondii tachyzoites (TLA) for prophylactic vaccination against cyst formation. Both vaccine formula- tions were applied systemically followed by an oral TLA-booster in BALB/c mice. Results Systemic priming with SMG and oral TLA-booster did not show significant induction of pro- tective immune responses. In contrast, systemic priming and oral booster with TLA induced higher levels of Toxoplasma -specific IgG, IgG1 and IgG2a in sera as well as high levels of Toxoplasma -specific IgG1 in small intestines. Furthermore, high levels of Toxoplasma-spe- cific Th1-, Th17- and Th2-associated cytokines were only detected in restimulated spleno- cytes of TLA-vaccinated mice. Importantly, in mice orally infected with T . gondii oocysts, only TLA-vaccination and booster reduced brain cysts. Furthermore, sera from these mice reduced tachyzoites invasion of Vero cells in vitro , indicating that antibodies may play a criti- cal role for protection against Toxoplasma infection. Additionally, supernatants fromsplenocyte cultures of TLA-vaccinated mice containing high levels of IFN- γ lead to substan- tial production of nitric oxide (NO) after incubation with macrophages in vitro . Since NO is in- volved in the control of parasite growth, the high levels of IFN- γ induced by vaccination with TLA may contribute to the protection against T . gondii . Conclusion In conclusion, our data indicate that prime-boost approach with TLA, but not with the mixture of recombinant antigens SMG, induces effective humoral and cellular Toxoplasma -specific responses and leads to significant reduction of cerebral cysts, thereby presenting a viable strategy for further vaccine development against T . gondii infection.
PROBABILISTIC ANALYSIS OF A SPACE TRUSS BY MEANS OF A MULTIDIMENSIONAL VARIABLE DESCRIPTION
- Przemysław Sorn
- Jarosław Górski
- Jarosław Przewłócki
2015 Pełny tekst Archives of Civil Engineering
The objective of this paper is to present a variant of the point estimate method (PEM) to determine mean values and standard deviations of limit loads of engineering structures. This approach is illustrated by limit state analysis of a space truss, considering geometric and material imperfections. The calculations were performed for different random models, so the influence of random parameters on the limit load of the truss can be determined. A realistic snow load was imposed.
Problem awarii nowobudowanej kanalizacji
- Ziemowit Suligowski
2015 Instal
Awaria nowobudowanej i odebranej kanalizacji. Rzetelność projektanta, kierownika budowy i inspektora nadzoru. Ocena zagrożeń dla procesu budowlanego. Błędy działań naprawczych. Szczególny problem projektanta i wykonawcy wywodzących się zer środowiska "melioracji rolnych". Zagrożenia finansowe w sytuacji braku trwałego efektu inwestycji.
Problem efektywności banków w literaturze przedmiotu
- Katarzyna Kubiszewska
2015 Pełny tekst KWARTALNIK KOLEGIUM EKONOMICZNO-SPOŁECZNEGO STUDIA I PRACE
Efektywność banku jest jednym podstawowych miar oceny jej działalności. Dlatego tak ważnym jest analizowanie jej poziomu, jak również czynników oddziałujących zarówno pozytywnie, jak i negatywnie. Celem artykułu jest przeprowadzenie analizy literatury związanej z problemem. Artykuł został podzielony na trzy części. Pierwszą poświecono przedstawieniu różnych koncepcji pojęcia efektywność. W drugiej część omówiono metody i techniki mierzenia poziomu efektywności rynku bankowego, zaś w trzeciej przedstawiono wyniki wybranych badań nad tym zagadnieniem, ze szczególnym uwzględnieniem sektorów bankowych w okresie transformacji.
Problem jednoznacznej identyfikacji słupa energetycznego w procesie inwentaryzacji linii wysokiego napięcia metodą lotniczego skaningu laserowego
- Anna Sobieraj-Żłobińska
2015 Przegląd Geodezyjny
nwentaryzację linii elektroenergetycznych przeprowadza się w celu poprawy bezpieczeństwa elektroenergetycznego sieci. Można ją wykonać np. przy użyciu lotniczego skaningu laserowego. W trakcie pomiaru otrzymuje się chmurę punktów, z której podczas klasyfikacji wyłonione zostają podzbiory punktów reprezentujących słup elektroenergetyczny. Linie średniego i wysokiego napięcia budowane są głównie na słupach stalowych. W opracowaniach, jakie powstają w trakcie inwentaryzacji (np. przekrojach) słupy muszą być zobrazowane w postaci jednego punktu, o znanych współrzędnych x, y, z. W pracy przedstawiono metody identyfikacji słupa elektroenergetycznego linii wysokiego napięcia (słupa stalowego) i wyboru takiego punktu z grupy punktów reprezentujących słup po klasyfikacji, który może reprezentować słup zgodnie z obowiązującymi normami. W celu weryfikacji zaprezentowanych metod, słupy elektroenergetyczne zostały również pomierzone techniką GPS RTK, z zastosowaniem wcięcia liniowego do środka słupa
Problem wyboru zbiornika retencyjnego
- Ziemowit Suligowski
2015
Problemy związane z optymalnym doborem zbiornika retencyjnego. Zapotrzebowanie na ograniczenie wielkości spływów. Optymalizacja lokalizacji. Funkcja retencji oraz mieszana retencyjno - rozsączająca. Próby wymuszeń. Główne zagrożenia. Warunki posadowienia. Specyfika zbiornika rurowego. Dokumentacja przedprojektowa i projektowa.
Problematyka doboru zabezpieczeń dławików kompensacyjnych pracujących w sieciach najwyższych napięć
- Zbigniew Lubośny
- Jacek Klucznik
- Krzysztof Dobrzyński
2015
W artykule przedstawiono trudności, jakie napotyka się podczas projektowania systemu zabezpieczeń dla dławików przyłączanych bezpośrednio do sieci najwyższych napięć (NN). Bazując na przykładzie budowanej aktualnie stacji 400 kV Ełk Bis, pokazano, że możliwości zabezpieczenia dławika, oparte na układach EAZ wykorzystujących pomiary sygnałów elektrycznych z przekładników prądowych i napięciowych, mają swoje ograniczenia i w pewnych przypadkach mogą być niewystarczające.
Problematyka kompensacji mocy biernej linii elektroenergetycznych wysokiego napięcia
- Zbigniew Lubośny
- Jacek Klucznik
- Krzysztof Dobrzyński
2015
W artykule przedstawiono rozważania dotyczące doboru dławików kompensacyjnych dla linii elektroenergetycznej dwutorowej wysokiego napięcia 400 kV, na przykładzie nowo budowanej linii Ełk Bis – Alytus. W analizach uwzględniono różne stany pracy układu. Zamieszczone wyniki dotyczą poziomów napięć w stanach ustalonych, podczas procesów łączeniowych oraz zwarć.
Problematyka osiadań fundamentów palowych w skomplikowanych warunkach gruntowych i złożonych stanach obciążenia
- Kazimierz Gwizdała
- Sylwia Kozłowska
2015 Pełny tekst Inżynieria Morska i Geotechnika
Problem osiadania fundamentów palowych w oparciu o analizę rzeczywistych wyników pomiarów i badań odcinka Trasy Sucharskiego w Gdańsku, wiaduktu WD-7. Znaczenie rozwiązań projektowych oraz próbnych obciążeń statycznych i dynamicznych w ocenie przyjętych rozwiązań technologicznych. Wyniki badań statycznych i dynamicznych osiadania pala pojedynczego. Pomiary osiadania grupy pali w wyniku monitoringu geodezyjnego. Rzeczywista ocena zachowania się zaprojektowanej grupy palowej i weryfikacja przyjętych założeń projektowych.
Problems in estimation of hand grip force based on EMG signal
- Anna Grzeczka
- Robert Barański
2015 Pełny tekst Diagnostyka
There has recently been a significant increase in the number of publications on and applications of bioelectric signals for diagnostic purposes. While the use of ECG (electrocardiography) is not surprising, the use of signals from registration of brain activity (EEG) and muscles activity (EMG) still finds new applications in various fields. The authors focus on the use of EMG signals for estimating hand grip force. Currently, EMG signals are broadly used in limb rehabilitation after severe injuries, surgeries, long immobilizations. Such parameters as maximal voluntary contraction (MVC) used for that purpose do not enable comparison of the forces generated by the muscles, for example, of two different people. It is connected, inter alia, with individual features of the studied person, as well as with a significant scatter of the measured EMG values for the same muscle, e.g. on different days of EMG measurements. The paper presents results of preliminary research whose final effect is to develop a procedure allowing force estimation in force units and estimation of the accuracy of the results. A series of tests was performed on two people. The tests showed the most important elements influencing disturbance of homogeneity of the obtained measurements with the same stimulation of the muscle. The authors focus only on determining hand grip force.
Problems of Determination of Welding Angular Distortions of T-fillet Joints in Ship Hull Structures
- Janusz Kozak
- Jakub Kowalski
2015 Pełny tekst Polish Maritime Research
Ship hull structure elements are in majority joined by welding. Welding distortions can cause a lot of problems during the manufacturing process. In the literature it is proposed wide spectrum of suggestions for a correct estimation of welding deformation in particular angular deformation in the fillet welded T joint. In the work verification of selected methods is proposed basing upon of the results of the laboratory measurements. Values determined on the basis of literature hypotheses are compared with the one obtained from the laboratory test.
Problems of modelling toxic compounds emitted by a marine internal combustion engine for the evaluation of its structure parameters
- Jacek Rudnicki
- Ryszard Zadrąg
2015 Pełny tekst Combustion Engines
The paper presents the possibility of using an analytical study of the engine exhaust ignition to evaluate the technical condition of the selected components. Software tools available for the analysis of experimental data commonly use multiple regression model that allows the study of the effects and iterations between model input quantities and one output variable. The use of multi-equation models gives a lot of freedom in the analysis of the measurement results, as it allows the simultaneous analysis of multiple effects and iterations of output variables. It can also be used as a tool for the preparation of experimental material for other advanced diagnostic tools, such as models using neural networks, which allow, in contrast to multi-equation models, the recognition of the state with the number of classes of more than two-class, thus enabling diagnostic reasoning. Assuming that there is a strong correlation and unambiguous nature of the changes in the concentrations of toxic compounds ana-lyzed in the course of the experiment can be seen as symptoms of the technical condition of the engine and with the known values of the output signals (including concentrations of toxic compounds) and their estimates, the values of residuals can be determined, which may indicate the type of damage. The authors show the advantages of using these analytical tools on the example of research conducted on the engine test bench.
Problems with microprocessor voltage-to-frequency and frequency-to-voltage converters implementation
- Eligiusz Pawłowski
- Dariusz Świsulski
2015 Pełny tekst Przegląd Elektrotechniczny
The article presents the problems of digital voltage-to-frequency and frequency-to-voltage processing. Transducer systems implemented in microprocessor technology are presented, the timing of signals and functioning algorithms are discussed. An analysis of processing errors has been performed and the results of experimental studies of realized systems are presented.